Tháng 6 nhuận ÂL năm thứ 2 (1645), Thừa Trù được giữ chức cũ Tổng đốc quân vụ, nhận mệnh chiêu phủ các tỉnh Giang Nam, được đúc ấn "Chiêu phủ nam phương tổng đốc quân vụ đại học sĩ" và ban sắc cho tùy nghi làm việc. Thừa Trù tiến hành chiêu phủ các phủ Ninh Quốc, Huy Châu (nay là Hoàng Sơn, An Huy) thuộc Giang Nam, Nam Xương, Nam Khang, Cửu Giang, Thụy Châu, Phủ Châu, Nhiêu Châu, Lâm Giang, Cát An, Quảng Tín, Kiến Xương, Viên Châu (nay là Nghi Xuân, Giang Tây) thuộc Giang Tây. Tháng 10 ÂL, Thừa Trù sai bọn Đề đốc Trương Thiên Lộc, Tổng binh Bặc Tòng Thiện, Lý Trọng Hưng, Lưu Trạch Vịnh đánh phá Tích Khê, bắt sống Tả thiêm đô ngự sử Kim Thanh. Tháng 12 ÂL, phá Vụ Nguyên, bắt sống Đại học sĩ Hoàng Đạo Chu; tổng binh Lý Thành Đống phá Sùng Minh, đuổi tiến sĩ Kinh Bổn Triệt, giết bộ tướng của Bổn Triệt là bọn Lý Thủ Khố, Từ Quân Mĩ. Tháng 3 ÂL năm thứ 3 (1646), Thừa Trù sai bọn tổng binh Mã Đắc Công, Bặc Tòng Thiện đánh phá trại Tư Không, chém tướng giữ trại là bọn Thạch Ứng Liễn, Ứng Bích 5 người, bắt Phàn Sơn vương Chu Thường Tháp.

Bấy giờ Nhạc An vương Chu Nghị Thạch, Thụy An vương Chu Nghị Lặc hợp 2 vạn quân xâm phạm Giang Ninh. Trước đó, Thừa Trù bắt giết nội ứng của họ là bọn Vạn Đức Hoa, Quách Thế Ngạn, Vưu Cư 80 người ở dãy hào rãnh phía tây. Sau khi quân Thanh đánh đuổi bọn Nghị Thạch, Thừa Trù dâng sớ xin về kinh, triều đình lấy cớ Giang Nam chưa định, không đồng ý, ban cho vợ ông trăm lạng bạc, 200 tấm da chồn. Tháng 8 ÂL, Nghị Thạch bị Bối lặc Bác Lạc bắt sống. Tháng 9 ÂL, Nghị Lặc lại xâm phạm Giang Ninh, Thừa Trù ra đánh, bắt được Nghị Lặc cùng bộ thuộc của ông ta là bọn kinh lược Vi Nhĩ Thao, tổng binh Dương Tam Quán, Hạ Hàm Chương. Tháng 12 ÂL, Thiên Lộc lùng sục trong Nghiêm Hàng Sơn thuộc Vụ Nguyên, bắt được Cao An vương Chu Thường Kỳ cùng bộ thuộc của ông ta là Giám quân đạo Giang Vu Đông, chức phương tư Hứa Văn Giới. Tháng 2 ÂL năm thứ 4 (1647), Thừa Trù sai tổng binh Hoàng Đỉnh đánh Túc Tùng, bắt em Nghị Lặc là Thụy Xương vương Chu Nghị Quý cùng bộ thuộc của ông ta là quân sư Triệu Chánh; hạ Nhiêu Châu, bắt Kim Hoa vương Chu Do Uấn cùng tông thất nhà Minh là Thường Tiến, Thường Bì, Thường Quan. Thừa Trù xin lệnh chém tất cả các thủ lĩnh phản kháng đã bị bắt, dẹp xong vùng Giang Nam.

Tháng 4 ÂL cùng năm, Cấp sự trung Trần Tử Long nhà Minh mưu tính khởi nghĩa ở Thái Hồ, Thừa Trù sai Chương kinh Tác Bố Đồ đi bắt, Tử Long nhảy xuống nước tự vẫn. Trong tháng ấy, Chá Lâm du kích Trần Khả bắt được kẻ gián điệp là Tạ Nghiêu Văn, phát hiện sắc thư của Giám quốc Lỗ vương Chu Dĩ Hải nhà Nam Minh phong Thừa Trù làm quốc công, Giang Ninh tuần phủ Thổ Quốc Bảo làm hầu, lại bắt được thư của tướng Nam Minh là Hoàng Bân Khanh gởi cho Thừa Trù và Quốc Bảo. Triều đình mệnh cho Thừa Trù tham gia xét hỏi bọn gián điệp, ban riêng sắc để vỗ về ông.

Tăng nhân người Quảng Đông là Hàm Giả sắp về làng, xin Thừa Trù thẻ bài cho phép ra thành. Thừa Trù thấy Hàm Giả là con trai của thầy mình – cố thượng thư Hàn Nhật Toản – nên đồng ý. Lính giữ thành xét kỹ sọt của Hàm Giả, bắt được văn kiện chống đối. Thừa Trù dâng sớ nhận lỗi, Hình bộ đề nghị đoạt chức, triều đình tha cho.